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第1304章你特么挺能猜的
张林兴冲冲地离开实验室后，杨平将注意力转回大屏幕上的「身份图谱」。
即使这真是胰腺癌的共性靶点，设计出能精确识别它的K因子也非常难，更别说还要保证新的K因子的安全性丶特异性丶递送效率……」
杨平分析道：「现在我们面临几个技术难关——蛋白复合物的三维结构解析；基于该结构设计具有高亲和力与特异性的K因子；K因子在体内的稳定性与递送系统。设计K因子是最难的，虽然我们有现在的K因子做参考这也是一件难度极大的工作。」
教授都说难，那真的难。
「结构解析可以交给我。」陆小路主动请缨，「我们研究所不是刚刚安装了冷冻电镜嘛，300kV的TitanKrios，配套了最新的直接电子探测器，如果样本准备得好，理论上可以解析到近原子解析度。」
「需要多少样本？」宋子墨问。
「纯化后的蛋白复合物，至少需要0.5毫克，纯度要在95%以上。」陆小路报出数字。
唐顺倒吸一口凉气：「从胰腺癌细胞里纯化出0.5毫克膜蛋白复合物？这得培养多少细胞？」
「至少……500升培养规模。」徐志良迅速心算，「而且……膜蛋白纯化得率通常低于1%，实际……需要更多。」
「按常规速度这起码要两个月才行，不过使用我们的扩增技术可以加快培养速度，你们将样本细胞取来交给我，我来培养，培养细胞是我们的老本行。」唐顺接来培养细胞的工作。
「也许有另一种思路可以节约时间，让观察立即开始。」一直沉默的格里芬突然开口，他的中文很流利。
所有人都看向他。
格里芬走到白板前，拿起笔：「我在美国时参与过一项非传统结构解析的工作。当时我们面对的是一个极难纯化的膜受体，最后采用了原位结构解析的方法，不是纯化蛋白，而是在接近天然状态的细胞膜上直接观察。」
他画了个简单的示意图：「具体来说，我们将目标蛋白标记上金纳米颗粒，通过低温电子断层扫描技术，对完整细胞的局部区域进行三维成像。虽然解析度达不到原子级别，但足以看清蛋白的大致构象和关键相互作用界面。有了这些信息，就可以用计算模拟的方法补全原子细节。」
「这方法有先例吗？」宋子墨问。
「2019年《自然》上有篇论文，解析了细胞突触中NMDA受体的原位结构，解析度到了4.5埃。」杨平准确引述，「关键在于标记技术和图像处理算法。金标记可能会干扰蛋白天然构象，我们现在有更好的选择——基因编码的迷你标签，比如ALFA-tag或SpyTag，可以共价结合特异的纳米标记物，干扰更小。」
格里芬没想到杨教授居然对这种偏门论文都有过涉猎，他的知识面这么广。
陆小路的眼睛亮了起来：「如果能在癌细胞原位看到这个身份锁的结构，不仅能指导K因子设计，还能验证它在真实肿瘤微环境中的状态，这比纯化后可能失活变性的蛋白更有意义。」
「但技术难度很大。」格里芬谨慎地说，「冷冻电子断层扫描对样本制备要求极高，图像信噪比低，数据处理复杂……」
「我们可以试试。」杨平拍板，「陆小路，这个方向由你负责，多与格里芬交流，先从少量细胞开始摸索条件。」
「是，教授。」陆小路认真点头。
格里芬非常兴奋，他的意见得到杨教授的认可，这可是他进修史上可以吹牛的高光事件。
安排完结构解析的工作，杨平转向另一个难题：「即使有了结构，设计K因子也是个挑战。传统的抗体或小分子都难以满足要求，抗体太大，难以穿透肿瘤基质；小分子特异性不够，容易脱靶。」
「也许可以借鉴自然界的灵感。」宋子墨若有所思，「教授，还记得您之前提到过的分子胶水概念吗？某些天然化合物能够将两个原本不结合的蛋白拉在一起。如果我们能找到或设计一种分子，能特异性地将胰腺癌细胞的身份锁和免疫细胞的杀伤受体粘在一起……」
杨平沉思片刻：「K因子与这些事完全不同的理论，在K疗法没有铺开之前，我们不是一直在寻找新的K因子吗？一无所获！现在我们已经找到胰腺癌的身份锁，按照我们在骨肉瘤的研究成果来看，这个身份锁一定对应一把钥匙，这把钥匙一定存在，只是我们没找到而已，这部分工作我来做吧。」
教授要亲自出手了？
疫苗的增强子X-2的研究过程尚历历在目，教授可是带着几个刚毕业的博士突破重重困难，让X-2惊艳亮相。
现在教授亲自研究针对胰腺癌的K因子？是不是说明这事已经成功了一半？宋子墨的直觉是这样的。
……
深夜十一点，研究所实验大楼里大部分灯已经熄灭，只有结构生物学实验室的灯还亮着。
陆小路站在冷冻电镜控制台前，眼睛盯着屏幕上不断刷新的数据流。他已经连续工作了十四小时，但精神依然高度集中。样本制备比预想的顺利，他采用了一种改良的低温固定方法，最大限度地保留了细胞膜蛋白的天然状态。
屏幕上，经过初步处理的断层扫描图像逐渐清晰。无数细胞器的轮廓中，细胞膜上分布着一些明显的颗粒状结构，那是用SpyTag标记的PANC-ID1复合物。
「解析度初步估计在20埃左右。」格里芬的声音从身后传来，他端着两杯咖啡走过来，「够看见大致的形状和聚集状态，但要看清结合界面，至少需要10埃以下。」
陆小路接过咖啡，说了声谢谢：「第一轮数据收集完成，接下来是三维重构和分类。我写了个新的图像对齐算法，也许能提升信噪比。」
「你还会写算法？」格里芬有些惊讶。
陆小路难得地露出一丝微笑：「在德国的时候，我辅修了计算生物学，结构生物学现在就是一半实验丶一半计算。」
两人并排坐在工作站前，陆小路调出他编写的程序界面，代码简洁高效，注释清晰，显示出扎实的计算机科学功底。
「这个聚类算法很有创意。」格里芬仔细阅读后评价，「你不仅按形状分类，还加入了局部膜曲率和邻近蛋白分布作为特徵，这样能更好地区分真实的信号和噪音。」
「膜蛋白的功能往往受微环境影响。」陆小路解释道，「同一个蛋白在平坦膜区域和曲率高的区域构象可能不同，与邻近蛋白的相互作用也会改变其可及性。我们设计的K因子最终要在真实的肿瘤环境中工作，所以这些信息很重要。」
通过与陆小路的交流，格里芬觉得这个年轻人的水平应该是世界顶级的，但是同为肿瘤学方面的专家，格里芬以前怎么对陆小路毫无印象，甚至他几次来中国参加学术会，居然没有听过陆小路的报告，不应该呀。
格里芬看了陆小路一眼：「你也是从事肿瘤研究的，为什么我以前没有拜读到你的论文，我与中国学者也有过交流，以前怎么从未听说过你的名字，不应该呀。」
陆小路一言难尽：「我也是来三博研究所才略有成果，以前嘛……」他没有再说下去，实验室里安静了片刻。
「抱歉。」格里芬说。
他意识到陆小路有难言之隐，或许他是大器晚成的人才，以前没有什么成果。
两人休息一会，结束闲聊，陆小路重新将注意力转回屏幕，启动了三维重构程序。成千上万的二维投影图像开始被计算丶对齐丶迭加，逐渐构建出细胞局部区域的三维模型。
时间一分一秒过去，凌晨两点，初步的三维重构完成。
屏幕上，一个令人惊叹的微观世界展现在眼前：癌细胞的质膜不是光滑的平面，而是布满了起伏丶凹陷和突起。在这些动态的膜结构中，PANC-ID1复合物像一个个微小的锁具镶嵌其中。
陆小路放大其中一个复合物，在目前的解析度下，能看出它由三个主要亚基组成：一个横跨膜的核心，一个较大的胞外结构域，以及一个较小的丶形状不规则的附属蛋白。
「这个小的应该就是你发现的未知蛋白。」格里芬指着那个不规则的模块，「它似乎通过柔性连接与核心相连，像是在膜表面摆动。」
「这可能是调控机制。」陆小路若有所思，「如果这个附属蛋白的构象可变，那么锁的开合状态也许可以调节。K因子要起作用，可能需要稳定在开启状态。」
就在两人专注分析时，实验室的门被轻轻推开。
张林探头进来，看到有人，愣了一下：「陆博士，格里芬医生，你们还在啊？」
「你又来干什么？」陆小路问。
「我……我睡不着，起来溜达看到这个实验室亮着灯，我以后谁下班没关灯呢。」张林不好意思地挠头，「既然这里开着灯，白天那个呼吸实验的数据，我用新学的机器学习方法重新分析了，发现了一个有趣的相关性，想用大屏幕看看。」
「你睡在实验室？」陆小路很是奇怪。
张林点点头：「我和小五都睡在实验室，做实验不睡在实验室怎么行，笨鸟先飞嘛。」
陆小路不免心生一丝敬佩，他们还挺认真的，不是说着玩玩。
「什么相关性？」陆小路问道。
「手部姿势改变时，不只是呼吸模式变化，心率变异性也有同步改变。」张林走进来，打开自己的笔记本电脑，「你们看，这是拇指食指捏合时的频域分析，低频功率增加，高频功率减少，这是交感神经活性相对增强的表现。而拇指无名指捏合时，情况正好相反——更像是副交感神经激活的模式。」
陆小路格里芬对视一眼，这确实超出了简单的「注意力转移」解释。
「你的意思是，特定手势能直接调节自主神经平衡？」陆小路严肃起来。
「数据暗示这种可能性，但我不确定机制。」张林说，「也许是通过某种尚未明确的体感-自主神经反射，或者……等等，你们在看什么？」
他的注意力被主屏幕上的三维结构模型吸引：「这是胰腺癌的那个靶点？哇，这么清楚！」
「初步模型，解析度还很低。」陆小路说。
张林凑近屏幕，仔细看了半晌，突然说：「这个摆动的小蛋白……它表面是不是有一些正电荷富集区域？」
陆小路一怔：「你怎么看出来的？现在的解析度看不出电荷分布。」
「不是看出来的，是猜的。」张林指了指结构模型上几个略微凸起的区域，「你看这些地方，在三维空间里形成了一种凹陷-凸起-凹陷的模式。如果我是自然进化出的锁，要和其他分子特异性结合，很可能会利用电荷互补，正负电荷相吸是最简单直接的相互作用之一。」
格里芬若有所思：「用计算化学方法可以预测表面静电势，陆教授，要不我们试试？」
陆小路点头，调出另一个程序，基于已有的低解析度结构，他用AlphaFold2预测了复合物的全原子模型，然后计算了表面静电势分布。
结果令人惊讶，正如张林猜测的那样，那个摆动的小蛋白表面，确实有三个明显的正电荷富集区，呈三角形排列。
「这很可能就是结合界面。」陆小路声音里带着兴奋，「如果K因子要识别这个靶点，它的结合表面应该有相应的负电荷互补区域，你特闷挺能猜的。」
张林嘿嘿笑了：「看来我这不务正业的观察力偶尔还有点用嘛。」
陆小路拍拍他的肩：「科学发现有时就需要不同角度的眼光，对了，你那个手势影响自主神经的发现，也许可以从神经解剖学找找解释。手掌和手指有丰富的机械感受器和本体感受器，它们的传入神经在脊髓和脑干有广泛的投射，理论上确实可能影响自主神经核团。」
「真的？」张林眼睛亮了，「陆博士，你能指导我看些文献吗？」
「明天吧，现在太晚了。」陆小路看了眼时间，已经凌晨三点，「大家都回去休息吧。」
格里芬这时说：「你要是有需要，我可以介绍美国那边的神经学方面的专家给你。」